國家體育總局由國家體委改組而成。為了規范國務院行政機構的設置，加強編制管理，提高行政效率，1998 年3 月24 日，國務院第一次全體會議討論通過了《國務院機構設置和調整國務院議事協調機構方案》，將國務院體育行政部門的名稱確定為“國家體育總局”，由國家體委改 組而成，列入國務院行政機構的第三序列——國務院直屬機構（原來的國家體委屬國務院行政機構第二序列）。1998 年4 月6 日，國家體育總局轉發了《國務院辦公廳關于啟動國家體育總局印章的通知》，并宣布新印章自發文之日起啟用。同日上午，國家體育總局舉行了掛牌儀式。從此， 國家體育總局正式登上歷史舞臺。

隨之，地方政府的體育行政管理機構也隨之調整了部分職能，省級政府一般都撤銷了省市體委而改設體育局。